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在执行PCB设计之前，第一步是选择适用的工作层。Protel99SE提供各种类型的工作层。只有理解这些工作层的功能，才能正确且可靠地进行PCB设计。
Protel99SE所提供的工作层大致分为SignalLayers（信号层）、Internal Planes（内部电源/接地层）、Mechanical Layers（机械层）、Masks阻焊层、Silk screen（丝绸打印层）、Others（其他工作层）、以及SystemPCB设计中的菜单命令Design、？实行gt。Options可以设置每个工作层的可见性。
1、SignalLayers（信号层）
Protel99SE提供32个信号层，包括TopLayer（最高层）、BottomLayer（最高层）、MidLayer 1（中间层1）、MidLayer 2（中间层2）Mid Layer30（中间层30）。信号层主要用于配置及走线构成部件（最上级及下级）。信号层是正*（正片），即放置在这些工作面上的走线或其他对象是铜覆盖区域~。
2、Internal Planes（内部电源/接地层）
Protel99SE提供16个内部电源/接地层（简称内电层）：InternalPlane1~InternalPlane16，这些工作面专门针对电源线和地线的配置。这些水平上的线或其他对象是没有铜的区域，即这些工作层是负*（负工作表）。各内部电源/接地层可以加上电网络名称，印制电路板编辑器将与该级别具有相同网络名称（即电气连接关系）的其他焊盘自动用预拉伸线连接。在Protel99SE。另外，也可以将内部电源/接地层分割为多个子层，即，各内部电源/接地层可以具有+5V和+l5V等2个以上的电源。
3、Mechanical Layers（机械层）
Protel99SE有16个机械层：Mechanical 1~Mechanical16。机械层一般用于配置与制板及组装方法相关的指示信息，例如电路板物理尺寸线、尺寸标记、数据资料、大修信息、组装说明等信息。
4、Masks阻焊层、锡膏保护层）
Protel99SE有Top Solder（最高位阻焊层）和Bottom Solder（最下位阻焊层两个。阻焊层是负的，布置在层上的垫或其他对象是没有铜的区域。通常，为了满足制造公差的要求，制造商常常为了放大阻焊层而要求指定阻焊层扩展规则。对于不同垫的不同请求，可以在阻焊层中设置多个规则。Protel99SE还提供TopPaste（最上层铃保护层）和BottomPaste（下层铃保护层）两个铃保护层。锡浆保护层与阻焊层的作用相似，但如果使用，则hot re-follow；（热对流）使用技术安装SMD元件时，锡膏保护层主要用于阻焊层的丝印的构建。这个层也是正的。类似于阻焊层，可以指定扩展规则以放大或缩小锡糊剂保护层。对于不同垫的不同请求，可以在锡膏保护层中设置多个规则。
5、Silkscreen（丝绸打印层）
Protel99SE提供两个屏幕层、TopOverlay（顶屏幕层）和BottomOverlay（下身清洁层）。丝印层主要用于绘制构成部件的外形配置文件、配置部件的配置编号或其他文本信息。印制电路板在上面配置PCB库元素时，该元素的编号和轮廓线会自动配置在屏幕层上。
6、Others（其他工作方面）
Protel在99SE中，除了上述的工作面以外，还有以下的工作层。
（1）KeepOutLayer（配线禁止层）
不能使用布线层来定义构成部件的配置区域。一般来说，为了构成能够进行元件的自动布局及自动配线的关闭区域，在禁止布线层上配置段（Track）或电弧Arc。
注意：当对部分电路或所有电路进行自动布局或自动布线时，必须在禁止布线层中定义至少一个禁止布线区域。
（2）Multi layer（多层）
因为该层表示所有的信号层，而且配置在其上的元件自动地配置在所有的信号层上，所以可以通过MultiLayer迅速地将焊盘或通孔配置在所有的信号层上。
（3）Drill guide（钻头的说明）以及Drill Drawing（钻头视图）
Protel99SE提供Drill guide（钻头说明）和Drill Drawing（钻头视图）两个钻头位置层，这两个层主要用于描绘钻头图和钻头位置。Drill guide主要是为了与手工钻头和旧电路板制造过程保持兼容性，在现代制造过程中，经常采用Drill Drawing来提供钻头参考文件。一般来说，Drill Drawing在作业层配置钻孔指定信息。打印输出生成钻头文件时，会包含这些钻头信息，生成钻头位置的代码图。这通常用于生成电路板如何进行加工的绘图。
请在这里注意。
①无论工作层是否被设置为可见，输出时自动生成的钻头信息显示在PCB文档中。
②Drill Drawing层含有特殊的成分。LEGENDquot;在打印输出时，字符串的位置决定了钻头绘图信息的生成位置。
7、System（系统工作层）
（1）DRC Errors（DRC错误层）
显示违反设计规则的检查信息。如果该层关闭，DRC错误不会在工作空间图中显示，但在线的设计规则检查功能仍然有效。
（2）Connections（连接层）
该层用于显示对象之间的电连接线，诸如半引线（（BrokenNet Marker）或Ratsnest（Ratsnest），但不包括导线Track。当层关闭时，这些电线不会显示，但程序会分析内部的连接关系。
（3）PadHoles（垫内孔层）
这个层打开后，图纸上会显示焊盘的内侧孔。
（4）ViaHoles（通孔内孔层）
这个层打开后，会显示在图纸上打了孔的内侧孔。
（5）Visible Grid1（可见网格1）和Visible Grid2（可见网格2）
这两个用于显示网格线，对应的栅格间距是菜单命令Design/Options显示栅格间距的设置可以在弹出对话框Visible1Visible2的项目中进行。
