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对于第一次接触设计的用户来说，首先面临的问题是设计工作中包含了怎样的步骤，应该从哪里着手，各步骤之间的连接关系是怎样的。因此，在利用Protel99SE设计印刷电路板之前，需要知道基本工序，即印制电路板的配线流程。
一、绘制正确的原理图和网络表格
原理图是设计PCB板的前提，网络表是连接原理图和PCB板图的桥梁，所以在描绘PCB电路板之前必须得到正确的原理图和网络表。
二、零件包装的确定
为了完成从原理图到PCB的转换，仅通过各元设备对象的连接关系是不够的，还必须知道各元件的封装形式（Footprint）。Protel99SE要导入网络表格文件，必须加载丰富的标准构成部件库，确认所使用的所有程序库已加载。
三、环境参数的设置
您可以根据自己的习惯设置环境参数，例如网格大小、光标坐标大小、以米为单位转换、工作级别颜色等。另外，PCB板图由多个层构成，所以需要设定PCB板的层。
四、计划电路板
在该步骤中，主要设定电路基板的各种物理参数，包括电路基板采用双层板或多层基板、电路基板的形状、尺寸、电路基板的安装方式、在需要放置固定孔的地方放置适当大小的垫、或者在布线禁止层上描绘PCB板的外形轮廓等。
五、网络表格导入
网络表中包含各元设备的封装形式和元件之间的连接关系，所以引入网络表后PCB可以得到后续设计的基础。
六、零部件布局
必须从机械结构、散热、电磁干扰、未来接线的便利性等各方面综合考虑。配置与机械尺寸相关的元件，锁定这些元件后，配置更大的占用空间的元件和电路的核心元件，最后配置周边的小元件。
七、制定详细的接线规则
布线规则包括根据设计的电路板的实际情况需要设置的布线间隔、各种线宽、开口的大小、布线的拓扑结构等。另外，在诸如散热器和卧铺两脚的结晶振动下的布线层那样不希望布线的区域配置填充层。
八、PCB配线
该步骤包括手动配线、自动配线、手动调整3个步骤。
九、电路板引出端的处理
在实际的PCB设计中，电源、接地、信号的输入输出等端必须连接到外部，引出方式根据过程的要求来决定。一般的拉出方式是利用垫取出插件并利用。另外，也可以在原理图中追加读取端子来更新PCB板。
十、涂铜补泪
为了提高电路基板的干扰防止能力，需要在各布线层的配置地线网络上铺铜，根据需要可以在网状上铺铜，或者在实心上铺铜，或者在电源网络上铺铜。另外，所有的洞和垫都需要补充眼泪，贴片和单板必须加上眼泪。
十一、进行设计规则检查
为了确保电路基板图符合设计规则和所有网络正确连接，配线完成后必须检查设计规则。该步骤可以与先前的详细创建的布线规则相互响应，并且可以基于所创建的设计规则来检查布线错误。另一方面，布线中需要忽略错误时，也可以更改设计规则。
十二、调整剩余层的信息
所有调整完成后，根据设计规则检查后，将所有屏幕层的字符拖放到合适的位置，注意不要放在元件下方或孔或垫上，并且可以适当缩小过大的字符。最后，可以将印刷板名、设计版本号、公司名、文件初加工日、印刷板文件名、文件加工编号等信息上传到第三方提供的程序上中文进行评论。
十三、打印板文件的保存和导出
电路板的设计完成后，还进行印刷基板文件的整理、归档、印刷图纸等的工作。此外，还可以导出构成部件合计表，作为构成部件列表等生成电子表格文档。
